Thèse de doctorat Aurélie DOTTO-MAUREL (2022-2025)

Titre de la thèse: "OsHV-1 genomic plasticity over its infection cycle in the Pacific oyster C.gigas."

Résumé de thèse:

Depuis les années 90, l'huître creuse Crassostrea gigas a subi des événements de mortalité importants associés à la détection d’un herpès-virus (OsHV-1). Ces mortalités affectent principalement le naissain d’huitre durant la période estivale et le virus semble persister sous une forme encore inconnue pendant la période hivernale. Une meilleure compréhension des différentes phases du cycle viral est primordiale pour maîtriser l’incidence de cette maladie d’une année à l’autre.

Ce projet de doctorat se propose d’étudier le cycle viral d’OsHV-1 via le prisme de sa plasticité génomique et des conséquences phénotypiques de cette plasticité sur son activité biologique. La première partie du projet sera consacrée à la caractérisation de la diversité génomique architecturale du virus OsHV-1 durant sa phase de réplication. Ces changements génomiques seront mis en relation avec leurs conséquences phénotypiques sur les profils d'expression du virus. La deuxième partie du projet aura pour objectif de caractériser l'activité biologique du virus OsHV-1 pendant sa phase encore inconnue de persistance aussi bien d'un point de vue génomique que transcriptomique. L’ensemble de ces caractérisations génomiques et transcriptomiques seront réalisées via la technologie de séquençage de lecture longue Oxford Nanopore Technologies (ONT). Ces lectures longues permettront d’identifier le rôle des isomères et des variant du virus lors du cycle réplicatif, de déterminer le statut génomique du virus lors de la phase de persistance et de caractériser les populations de transcrits au cours des deux phases du cycle viral.

Direction de thèse: Germain Chevignon, Ifremer, ASIM La Tremblade

Co-directeur de thèse: Benjamin Morga et  Isabelle Arzul,  Ifremer, ASIM La Tremblade

Financement: Ifremer

École doctorale: Euclide, Université de La Rochelle