Thèse de doctorat Jules TRILLAUD (2024-2027)

Titre de la thèse : "Compréhension de la dynamique épidémiologique du virus OsHV-1 par des approches phylogéographiques et de modélisation."

Résumé de thèse:

L’herpèsvirus OsHV-1, identifié pour la première fois en France dans les années 1990, est aujourd’hui reconnu comme l’un des principaux agents pathogènes responsables de mortalités massives chez les huîtres creuses (Crassostrea gigas). Ce virus a entraîné des pertes considérables dans les élevages ostréicoles, avec des mortalités pouvant atteindre 80 à 100% chez les juvéniles en période de forte virulence. 

Ces épidémies ont des répercussions économiques majeures sur un secteur essentiel à l’économie littorale. L’ostréiculture française, qui produit environ 85 000 tonnes d’huîtres par an, représente un chiffre d’affaires estimé à 400 millions d’euros, soit près de 30 % de la production européenne. Ce secteur emploie directement plus de 3 500 personnes, principalement dans des zones rurales et côtières où il constitue une activité économique et culturelle essentielle. En plus des pertes directes dues aux mortalités, les épidémies engendrent une augmentation des coûts de production et une diminution de la productivité, menaçant la pérennité des activités ostréicoles.

Face à ces enjeux, cette thèse dans le cadre du projet IDEAL a pour objectif d’éclairer les mécanismes de propagation et d’adaptation de ce virus afin de proposer des stratégies de gestion durables. Deux approches complémentaires sont mises en œuvre :

1 - Approche phylogéographique :

• Identifier les variations génétiques et les relations évolutives du virus à travers les sites de production pour retracer ses voies de dispersion.
• Comprendre comment les conditions environnementales et les pratiques d’élevage influencent l’adaptation et la virulence d’OsHV-1.

 2 - Approche de modélisation :

• Développer un modèle épidémiologique basé sur la structure SEIR, intégré dans un cadre spatial pour simuler la propagation du virus entre les parcs ostréicoles.
• Incorporer des variables environnementales, telles que la température de l’eau, les courants et la densité des élevages, pour prédire la dynamique de transmission et évaluer l’impact de différentes stratégies de gestion.

En combinant analyses génétiques et outils de modélisation, ce projet vise à apporter des solutions concrètes pour atténuer les impacts de ce pathogène tout en éclairant les dynamiques évolutives et épidémiques de maladies dans les écosystèmes marins.

Direction de thèse: Maude Jacquot, Ifremer, ASIM La Tremblade

Co-directeur de thèse: Isabelle Arzul,  Ifremer, ASIM La Tremblade

Financement: ANRJC

École doctorale: Euclide, Université de La Rochelle