WP1 : Quantifier la contribution des données génomiques à la compréhension de la propagation des agents pathogènes marins.

Le premier volet du projet IDEAL (WP1) vise à évaluer la contribution des données moléculaires dans la compréhension des facteurs influençant la propagation des maladies infectieuses chez les mollusques marins, en particulier celle causée par l’Ostreid herpesvirus type 1 (OsHV-1). Actuellement, la surveillance de ces maladies repose principalement sur des données d'occurrence, qui peuvent être limitées en précision et en fréquence. Ce travail explorera comment les données génomiques, combinées à des modèles épidémiologiques et phylogéographiques, peuvent améliorer la caractérisation des dynamiques de transmission des pathogènes.

Pour cela, un pipeline de simulation sera développé afin de générer des épidémies fictives et d’évaluer dans quelles conditions (fréquence d’échantillonnage, méthodologies analytiques) les données moléculaires permettent de mieux discriminer les facteurs environnementaux, climatiques et anthropiques influençant la diffusion des maladies (Tâches 1.1 et 1.2). Différents scénarios seront testés pour identifier les conditions optimales de collecte et d'analyse des données. Enfin, des lignes directrices méthodologiques seront établies (Tâche 1.3) afin d’adapter ces approches aux spécificités des maladies marines, notamment la rareté des données d’occurrence et la dispersion des pathogènes via les courants marins ou les pratiques d’élevage.

Maude Jacquot, Simon Dellicour, Post-doctorat de Camille Pelletier

WP2 : Démêler les effets relatifs des facteurs environnementaux, climatiques et anthropogéniques sur la propagation d'OsHV-1.

Le deuxième volet du projet IDEAL (WP2) a pour objectif d’évaluer l’influence de facteurs environnementaux sur la diffusion du virus OsHV-1 aussi bien à l’échelle nationale que locale. En effet, la dynamique de propagation de ce virus repose sur une interaction complexe entre des variables physiques (température, salinité, courants marins), biologiques (présence et densité d’hôtes sensibles) mais aussi anthropogéniques (pratiques ostréicoles, qualité de l’eau).

À travers une approche intégrative combinant analyses de données géospatiales et approches phylogéographique, ce travail vise à démêler et quantifier les effets relatifs des différents facteurs afin de mieux comprendre les mécanismes favorisant la diffusion du virus. À l’échelle nationale, l’accent sera mis sur l’influence des variations climatiques et des grandes tendances environnementales ainsi que des mouvements d’animaux. À l’échelle locale, une attention particulière sera portée aux paramètres hydrodynamiques qui peuvent agir comme des vecteurs de propagation ou, au contraire, limiter la dispersion du virus.

Maude Jacquot, Benjamin Morga, Élise Maurouard, Mathilde Noyer, Fabrice Pernet, Sébastien Petton, Cyrielle Lecadet, Germain Chevignon, Élodie Fleury et Thèse de Jules Trillaud

WP3 : Modélisation mathématique et système d'aide à la décision.

Le troisième volet du projet IDEAL (WP3) est consacré à la modélisation épidémiologique du virus OsHV-1 et à la conception d’un outil d’aide à la décision pour améliorer la gestion des épidémies.

Ce travail repose sur une approche de modélisation mécaniste visant à simuler la dynamique du virus en intégrant les paramètres identifiés dans les volets précédents. L’objectif est de reproduire les trajectoires d’infection à différentes échelles en tenant compte des conditions environnementales et des mouvements d’animaux entre zones ostréicoles. L’outil développé permettra d’explorer divers scénarios de gestion et d’optimiser les stratégies de prévention et de contrôle du risque sanitaire.

En combinant données empiriques et simulations, ce volet apportera aux acteurs du secteur conchylicole un support décisionnel concret pour limiter l’impact des épizooties et favoriser une gestion plus durable des élevages.

Maude Jacquot, Isabelle Arzul,Fabrice Pernet , Sébastien Petton, Lydie Canier, Cyril Noël et Thèse de Jules Trillaud